Het syndroom van Hunter is een erfelijke ziekte. Bij het syndroom van Hunter bevat het gen dat codeert voor het enzym iduronaat-2-sulfatase (I2S) een mutatie (een verandering), wat betekent dat het enzym wordt geproduceerd met fouten die ervoor zorgen dat het niet goed werkt of dat het enzym helemaal niet wordt geproduceerd.
Samengevat bevindt het gen dat het syndroom van Hunter veroorzaakt zich op het X-chromosoom, dus een man die een aangetast chromosoom overerft, zal het syndroom van Hunter ontwikkelen. Vrouwtjes hebben twee X-chromosomen, dus als een vrouw een aangetast chromosoom erft, zal ze in de meeste gevallen de ziekte niet ontwikkelen, maar een drager zijn (d.w.z. dat ze het gemuteerde gen kan doorgeven aan haar kinderen). Dit wordt hieronder meer gedetailleerd uitgelegd.