Het syndroom van Hunter heeft verschillende symptomen. Het syndroom van Hunter kan elk deel van het lichaam treffen. De symptomen van het syndroom van Hunter en het verloop en de ernst, zijn voor elke persoon anders.
Het is belangrijk om te weten dat veel van de afzonderlijke symptomen bij veel kinderen voorkomen, maar dat het de combinatie van klachten is die op het syndroom van Hunter kunnen wijzen. Niet alle patiënten zullen alle symptomen hebben en ze hebben een ander verloop, dus er is geen typische patiëntervaring.
Er zijn twee types van het syndroom van Hunter; deze staan bekend als neuropathisch (met cognitieve beperking) en niet-neuropathisch (zonder cognitieve beperking). Beide types hebben symptomen die het lichaam treffen, maar het neuropathische type heeft ook symptomen die de hersenen en het zenuwstelsel treffen, wat betekent dat gedrag en ontwikkeling ook worden beïnvloed. Bijna 7 op de 10 mensen met het syndroom van Hunter hebben het neuropathische type van de ziekte.
Bij het neuropathische type verschijnen de symptomen meestal tussen de 2 en 4 jaar, terwijl de symptomen bij het niet-neuropathische type zich over het algemeen later in de kindertijd verschijnen.